圧倒的な力を手に入れた妖怪たちの攻勢に、一人また一人と幻想郷の実力者は敗北していった。その中でも起死回生の切り札を持つ者は、妖怪たちをリベンジの舞台に上がらせる。
アリスの治療を受け、新たな力を得た魔理沙。神社の宝物庫から、ある神具を持ちだした霊夢。そして、高みの見物を決めていた天子が、満を持して異変の犯人に挑む。
思惑は裏で複雑に絡み合い、やがて異変は新たな局面を迎える。
幻想郷全土を巻き込んだ異変に終止符を打つのは誰だ!?
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